Tack för svar!
Jag löste avstängningen med att temporärt koppla in ett annat batteri, då stannade motorn på en gång då spänningen blev tillräckligt hög.
Jag kopplade bort kabeln som gick från generatorn, laddade sedan upp startbatteriet och sen funkade allt igen, förutom att jag då inte har någon generator som laddar batterierna, men vi har kört så en semestervecka eftersom jag har solpaneler till förbrukningsbatterierna och även laddade startbatteriet med en batteriladdare när vi låg i hamn, dock är det ju ingen långsiktig lösning att vara utan generator.
Anledningen att jag säger jag ser att det är kortslutning är att jag får nollresistans med multimetern mellan en jordpunkt (t.ex. startbatteriet) och pluspolskabeln som går till generatorn. Spänningen på batteriet sjönk även drastiskt när jag testade att temporärt sätta tillbaka kabeln vilket ju även det tyder på kortslutning. Tycker bara det verkar märkligt att generatorn kan kortslutas om den går sönder, trodde bara de gick sönder och därmed slutade ladda, men jag är bara lekman på detta område.