Under start gör batteriets inre resistans och kemi att det kan säcka ett par volt i spänning. Att då tappa kanske 0,5V i kabeln är inga problem. Starten är gjord för att kunna dra igång motorn ner till i alla fall 8V spänning.
I praktiken laddas batterierna i allmänhet och över allra största delen av sin uppladdningsfas av en ström som är långt mindre än dagens generatorer kan ge. Det är batteriet, inte generatorn som bestämmer vilken ström det skall sluka. Generatorns uppgift är att lägga på 14V eller drygt det, sedan bestämmer batteriet laddströmmen.
Om batterierna är riktigt urladdade (men friska) kan du få en initial ström på kanske upp till C/5 (20A för ett 100Ah-batteri), så dina två skulle då kunna dra i sig 40A. Men detta sjunker väldigt snabbt (första halvtimmen kanske), och under merparten av laddtiden kommer det snarare handla om 5-10A per batteri. Så för laddningens del vinner man faktiskt inte mycket på att dimensionera efter generatorns maxström.
Nu verkar du inte heller ha några stora och långvariga strömslukare. Annars är det också av intresse att dimensionera generatorkablaget efter dessa. För de drar (eller ska dra) också sin ström från generatorn, och om de är dominerande och orsakar spänningsfall så batterierna inte får sina 14V eller drygt det utan kanske bara 13,5V - ja då drar batterierna inte alls i sig lika mycket laddström och laddningen tar längre tid *).
Men nu talar vi förbrukare som drar kanske tiotals A eller mer och under längre tid och som är tänkta att försörjas av generatorn när motorn går. Man har kanske inte så många sådana saker i en båt, men i en bil är dessa ofta dominerande när det kommer till strömförbrukning under motorgång. En modern bil drar t ex inte sällan uppåt 20A bara tändningen slås på och bilens el/elektronik samt ljus är igång....
Till din motor skulle jag tycka 35mm² till starten/motorn från batterierna är fullt tillräckligt och kanske 16mm² mellan generator och startens plusanslutning. Det är väl så det är kopplat i original (?), och dels blir det en kort klenare kabel då laddströmmen kan använda startpluskabeln mellan motor och startbatteri (via säkringen och brytaren).
*) Så länge man har en spänning högre än batteriets egen-EMK (knappt 13V) så blir de dock alltid fulladdade - förr eller senare. En del hävdar att de inte kan bli det om laddspänningen inte är uppåt 14V (eller ännu högre enligt en del) men det är alltså inte sant.