Det funkar fint, men tänk på att den spänning som batteriet har beror på om det nyss laddats eller nyss använts under belastning. Nyss fulladdat (från nyss till senaste dygnet) kan spänningen mycket väl vara över 13 V, för att gradvis (över några dygn) sjunka ner till en stabil fullspänning på kanske 12.7-12.8 V. Har batteriet nyss belastats, t ex med en startmotor, ett ankarspel, en bogpropeller eller nån annan kraftigare förbrukare, kan spänningen tillfälligt vara sänkt med många tiondels volt, även om batteriet för stunden är helt obelastat. Så ska du mäta, så behöver du mäta när batteriet är "stabilt", dvs varken laddats eller belastats senaste dygnet eller så. Men problemet är förstås större när det är en "felvisning" åt det lägre hållet, eftersom det knappast är ett problem att batteriet verkar mer fullt än det är...
Jag skulle säga att 12.4-12.5 V kan vara en bra undre gräns för ett startbatteri. Ladda om det halkar under det, dvs om båten används så sällan att motorn inte laddar upp det tillräckligt, eller om motorn inte har fullgod laddningsförmåga (som i ditt fall).